A Escola Técnica Elementar Francisco de Arruda foi criada no princípio da década de 50 do século XX.

Era destinada ao ensino inicial de jovens do sexo masculino, que pretendiam prosseguir os seus estudos nas áreas Comercial ou Industrial. Ficou instalada, provisoriamente, em edifício da Freguesia de Alcântara e dependia administrativamente da Escola Técnica Industrial Marquês de Pombal.

Decorreu nessa altura a elaboração do projecto do futuro edifício da Escola pelos Serviços Técnicos da Junta das Construções para o Ensino Técnico e Secundário do Ministério das Obras Públicas, estando datada de dezembro de 1953 a conclusão do projecto final, da autoria do arquiteto António José Pedroso.

Em 1956 foram inauguradas as novas instalações, na Calçada da Tapada, junto da Tapada da Ajuda, onde passou a funcionar definitivamente e até à atualidade, tendo sido nomeado Manuel Maria de Sousa Calvet de Magalhães, figura ímpar na história da Escola, como seu primeiro diretor.

A designação oficial da Escola foi sofrendo várias alterações ao longo dos tempos.

Em 1968, aquando da reforma do ensino do então Ministro da Educação, Veiga Simão, passou a designar-se Escola Preparatória Francisco de Arruda.

O nome de Escola C+S Francisco de Arruda data de 1988.

Em 2002, a sua designação foi alterada para Escola Básica do 2º e 3º Ciclos Francisco de Arruda, abreviadamente EB 2,3 Francisco de Arruda.

No ano letivo de 2004/2005, a Escola tornou-se a sede do Agrupamento de Escolas Francisco de Arruda, nova unidade orgânica que reunindo vários estabelecimentos do ensino básico das freguesias da Ajuda e de Alcântara, adotou na sua designação o mesmo patrono.

Em 2009-2010, a Escola sofre obras profundas de requalificação, no âmbito do Programa de Modernização das Escolas do Ensino Secundário (Parque Escolar), segundo um projeto coordenado pelo arquiteto José Neves, tendo sido oficialmente inaugurada, a 29 de janeiro de 2011, com a presença do então Ministro das Obras Públicas, Transportes e Comunicações, António Mendonça.

A 9 de dezembro de 2013, em cerimónia ocorrida no Teatro Nacional D. Maria II, o arquiteto José Neves foi galardoado com o Prémio Secil de Arquitetura 2012, distinguindo a reabilitação da agora designada Escola Básica Francisco de Arruda.

Mais recentemente, em 13 de maio de 2014, o Prémio Valmor e Municipal de Arquitetura, referente ao ano de 2011, distinguiu igualmente a nossa Escola.